民進黨立委葉宜津對運研所在預算報告中指研究計畫被採行比例百分之百，感到不可思議。她說，其實，交通部各單位都清楚，運研所研究報告常是束之高閣。
葉宜津也質疑，運研所是交通部幕僚單位，卻仍有研究案還委外執行，且發給廠商而非學術單位。
運研所所長林志明說明，運研所70%的研究都是自己執行，30%才委外，因為有些是跨領域的研究。
不過，包括葉宜津、民進黨立委李昆澤、國民黨立委羅淑蕾都認為，運研所對真正與民生相關的議題都未好好研究，例如花東鐵路車票一票難求、高鐵財務問題等。
民進黨立委管碧玲說，運研所是國家運輸研究常設機構，卻很少扮演資料庫功能。
管碧玲還批評運研所官網掉漆，運安資料還停在民國101年，且近幾年施政計畫，愈來愈陽春。
不過，葉匡時替運研所緩頰，他說，運研所很多研究報告，提供交通部重要政策參考及採納。