國研院表示，海洋研究船為研究探測的必備工具，航海實務操作與一般船舶並無太大差別，但並不屬於海洋中心成立研究目標，若在中心的編制內設置船務操作編組，除了不符合中心成立目的外，也無法以具競爭力待遇吸引船務操作專才。
基於專業分工原則，國研院表示，以委外方式辦理船務操作，才能與船務操作市場專業人力結合交流，並以彈性待遇延聘適當專才，且透過委外所延聘專才，皆需具備相關證照，與「派遣工」層次相差甚多。
國研院強調，國外也有以委外方式操作研究船案例，例如鄰近日本，研究船規模更大於海研五號，也以委外方式。
至於外傳海研五號這次是3個月整組人員輪替的新手，國研院除了澄清並非事實外，也進一步說明委外船務公司為提高人力運用效率，可視海研五號及其他船舶船期機動調動人員互相支援，但不允許固定時間整組輪替的情形發生，而海研五號這次主要船員皆具備操作經驗，並非新手。
國研院指出，專業分工細緻化為未來社會發展趨勢，關鍵在於建立好的專案管理機制，而招標公開評選海研五號船務委外廠商時，則採最有利標而非最低標方式決標，顯示船務操作委外管理目的並非為了節省經費。