中國主管孔子學院的漢辦則表示，西方普遍認為中國的崛起對他們造成威脅，希望藉由孔子學院「軟實力」的輸出，宣揚世界大同的理念，以消弭「中國威脅論」這樣錯誤的想法。
芝大教授投書 披露孔子學院干預學術自由
《經濟學人》指出，孔子學院在美國招致越來越多批評，芝加哥大學教授Marshall Sahlins去年在《國家（Nation）》雜誌發表文章，細述好幾個國家孔子學院如何以政治敏感為由干預學院之例，如二○○九年北卡羅來納州立大學即因孔子學院反對而取消達賴訪問。今年則有超過一百位芝加哥大學教授連署反對孔子學院干預學術中立。
蒙大拿大學榮譽講座教授Steven Levine今年寫信給全球上百所孔子學院，要求舉行天安門事件廿五週年的紀念活動，但未獲任何一所同意。北京環球時報最近甚至稱國外這些學院反對派為「麥卡錫主義的延續」。
中研院歷史語言所長黃進興表示，《經濟學人》刊登的該文章引起歐美學術界的廣大回響；芝大知名人類學家Marshall Sahlins結合幾十位重量級學者，同聲反對孔子學院影響學術獨立與自由。他說，中國以為在海外給點錢，就能控制人家的思想與學術，「這對西方民主自由的傳統是行不通的。」
余英時曾批 中共借孔子之名對外統戰
昨領取首屆「唐獎」漢學獎的中研院院士余英時，也曾批評孔子學院是中共官方借孔子之名推廣漢語，卻是對外統戰，輸出意識形態甚至搞情報的工程。
立委鄭麗君昨受訪表示，抵抗孔子學院最好的武器，就是堅持與維護民主自由，可是馬政府卻反其道而行，近年來在對中國事務缺乏透明性、逃避監督，正是中國統戰蔓延的溫床，是一個關於價值的無聲戰役，孔子學院只是一個縮影。如果馬政府無法堅持守護該有的信念，自然會被台灣公民社會所淘汰。