農科院院長由前農委會科技處處長葉瑩退休後擔任，因為每月薪資從原職的新台幣12萬元提高到18.8萬元，被質疑養肥貓。
農委會科技處指出，院長月薪18.8萬元並不高，當初徵詢業界人士擔任，但一般涉及國際市場產業行銷的企業高層月薪相當高，此薪水吸引不了業界人士進駐；再徵詢學界，學界人士也以不能同時兼任院長而作罷。
最後，農委會主委陳保基特地邀請曾在多所大學任教、也在農政單位歷練完整的葉瑩接任；葉瑩協助籌辦農科院，卻一直沒有意願接任；陳保基說明尋覓人才遭遇困境，葉瑩才放棄退休生涯接任院長，並沒有領退休金僅領院長薪水。
報導質疑，成立農科院後，原台灣動物科技研究所人員於單位廢除後，轉任農科院平均加薪16%。科技處說明，所有研發人員及行政人員都隨同研究計畫的提出，採行約聘制，一年一聘，連同最高層的院長在內，皆無編制內的人員。
科技處指出，動科所轉任農科院人員薪資平均加薪幅度應是 6.45%，其中主管人員加薪13.62%，研發人員加薪 5.23%；除了因為院的等級高於所之外，也希望透過較好的薪資待遇吸引民間人才加入，才會提高待遇。
科技處補充，自原有相關單位轉任農科院的人須經遴選，非全部轉任，包含動科所原正職81人、轉任72人，受聘於工研院的19人、轉任15人，受聘於中研院農業生物技術產業化推動辦公室17人、轉任僅4人。
農科院薪資級距分6個職級，最基層的助級月薪級距3萬3980元到5萬6560元，最高的資深正級為9萬6750元到14萬1290元，但也可能隱藏該計畫行政職薪資在內，實領金額不一定等於所編列全額。