花東鐵路電氣化6月底通車，新引進的17組普悠瑪自強號全數投入營運，但仍出現座位不足的困擾，台東居民抱怨連連，甚至要求能賣站票。
葉匡時坦承，花東鐵路電氣化後，普悠瑪號座位不足是最大挑戰。
不過，普悠瑪與太魯閣號一樣，車輛轉彎時可以不必減速，站立並不安全，且無法加掛車廂，所以容量受限，加上花蓮與台東間還未全面雙軌化，現在需求遠大於供給。
葉匡時說，原本交通部希望花東鐵路電氣化通車時，將太魯閣號與普悠瑪號的票價上調，與一般自強號區隔，並訂出尖離峰時段的差別費率。
不過，交通部的想法遭花東居民及立法委員反對，加上20多年的台鐵票務系統過於老舊，普悠瑪與一般自強號仍同價。
葉匡時表示，台鐵已開始進行票務系統更新，預計要花2年時間，2年後如果徵得立法院同意，台鐵票價將更具彈性化，並可引進誘因機制，拉大普悠瑪號、太魯閣號與一般自強號的票價差，同時訂定尖離峰的差別票價。
針對普悠瑪號訂位不易的現況，葉匡時表示，會再調整配票方式，現在台北經花蓮至台東的普悠瑪號，約1/3座位配給往花蓮的旅客，2/3是往台東的旅客，未來會再加往台東旅客的座位數。
葉匡時也提到，短中期的做法是加強花蓮與台東區間車接駁功能，達到無縫接軌；不過，花蓮至台東多數地區仍是單軌，無法無限制增班。