航港局中部航務中心金門辦公室前身是高雄港務局金門航政事務處，原只有2位員工，7月1日改制後增加為5人。
20噸以下的動力船舶，以及50噸以下無動力船舶檢查、丈量、註冊及給照原由直轄市、縣市政府辦理，7月1日起依船舶法規定回歸航港局辦理。金門有近300艘漁船與小船。
中部航務中心金門辦公室服務項目，包括船員任卸職簽證、服務經歷、審查出港船員名單及小三通非固定航線外，新增辦理船舶檢查、丈量、登記給照與小船檢查、丈量、註冊給照，以及船員手冊核補換發、船舶運送業、船務代理業、海運承攬運送業等業務服務。
台金線有10多艘貨輪，船舶代理業、船舶運送業業務原由高雄港務局承辦，7月1日由辦公室承辦，方便金門業者。