位於屏東農科生技園區的芝林生技公司是台灣最大的觀賞魚出口商，每年約出口400多種觀賞魚至全球近30個國家，近年來則致力於開發高附加價值的觀賞魚種，透過基因工程技術，培育出「九間波羅」及「神仙魚」等各種螢光觀賞魚。
芝林董事長林育禾表示，自經區若能儘快通過，目前業者無法進口的觀賞魚類將可以專案進口，台灣就有機會育種出在國際上更有競爭力的觀賞魚類。林育禾說：『(原音)觀賞魚這個產業，自經區通過之後，就可以有比較多的魚種在國際提供給客戶。這個產業在國際非常競爭，希望做到一步式的服務，就是說向台灣訂大概1千多種在國際間流通的魚，1次就能提供。』
至於同屬觀賞水族產業的台灣福蝦公司，則透過優異的育種技術，生產身型小巧、條紋黑白分明的平托黑金剛蝦，並銷至歐洲國家，1隻要價200美元仍供不應求。
業者表示，台灣育種技術一流，若自經區能通過，他有信心培育出更具價值的觀賞蝦。董事長廖年靖說：『(原音)台灣的養殖技術非常先進，但因為有很多對於保育的管制，因此有很多蝦種和品種無法取得，所以希望在自經區這邊引進不同的蝦種繁殖和轉口。』
業者也指出，目前反對自經區開放的人士大多擔心進口魚類影響台灣的生態，但是如果政府能夠嚴加管控，完整在自經區進、出口，應該就不會有相關情事發生。