秋後算帳？ 呂率司委會考察
立法院司法及法制委員會昨前往中研院考察，召委呂學樟出發前在國民黨團幹部會議內表示，中研院隸屬於總統府，算是總統「幕僚」，學運期間卻變成嗆聲部隊，對行政倫理、體制規範都是嚴重問題。呂因此嗆說，「若中研院的績效不彰，在檢討組織改造時可考慮廢除」。
中研院法律所副研究員黃國昌直批呂學樟是比蔣介石還狂妄的闌尾，指呂的談話簡直令人瞠目結舌，完全無法理解一個人「無知」的底限在哪裡？呂的說法對於許多每天兢兢業業追求學術突破的研究同仁是莫大侮辱。
台聯：研究員 不是總統給薪
台聯秘書長林志嘉也批呂學樟沒知識也要有常識，中研院的研究員領的薪水是來自納稅人，不是總統給的，呂學樟作威作福，身為立委卻連民主政治ＡＢＣ都不懂。
中研院院長翁啟惠表示，呂學樟等立委到中研院巡視，雙方交談愉快，後來看到電視政論節目在談呂說要廢掉中研院的話，「自己也嚇了一跳，但是不可能啦」；至於中研院是否為總統幕僚？翁說，中研院是全國最高學術單位，總統一向尊重，不論是馬英九還是陳水扁當總統，都未曾干預中研院。
由於中研院部分研究員不只曾當場向馬總統嗆聲，黃國昌更是太陽花學運的重要成員，呂學樟等立委考察中研院，並嗆考慮廢中研院，充滿濃厚的秋後算帳意味。
呂學樟說，中研院要求將職等調高，「但整天不知道在做什麼」，中研院過去在自然科學領域上提供專業研究意見，近期轉型變成著重在社會科學研究領域，但完全看不出績效。
呂：總統是中研院的老闆
呂學樟指出，因應政府組織改造，中研院從二○○九年至二○一四年，職員增加三十多人，成長了二％，預算增加五十幾億元，當然要讓外界了解中研院的研究成果和績效；若沒達到績效，研究員又無所事事，對國家是浪費，勢必要檢討，「國家花錢養這些人幹嘛？公帑不能浪費」！
呂學樟回到立院後表示，日前馬總統受邀到中研院演講，卻有部分中研院職員向馬抗議，在體制上，中研院隸屬總統府，總統是中研院的老闆，「嗆聲很不得體」。
黃斥呂無知 侮辱研究同仁
至於外界質疑呂學樟是針對黃國昌，呂學樟說，黃國昌無法代表中研院，但黃國昌參加學運，還連續廿幾天都出席，是否違反公務員的出勤規定、違反「公務人員行政中立法」，也有請中研院了解。
翁啟惠說，呂學樟並未調閱黃國昌差勤，「中研院也不可能給他看」。
對於外界有人批評學運期間，中研院怎可加入抗議，翁啟惠則表示，從學術角度來看，研究員的不同意見也是言論自由。