金門水域查驗客渡船包括金廈小三通：新金龍、泉州、東方之星、金星及馬可波羅；金泉小三通：泉金；金門-烈嶼水域：仙洲、太武等8艘；東港-小琉球航線水域查驗船舶包括：東信、東昇、群益、光輝、飛馬等5艘客船；布袋-馬公航線水域查驗船舶包括：滿天星2號、凱旋3號等2艘客船；澎湖馬公水域查驗船舶包括：臺華、南海之星、恆安1號、海有2號、金八達、東北之星、大東北、大中華、海有1號等9艘；高雄市旗津-鼓山渡輪：旗鼓1號、旗鼓2號及幸福等3艘。
有關媒體報導東港-小琉球航線客船後甲板區站立乘客，疑似超載及兼載貨物問題，該中心派員實際前往瞭解，海巡署稽查人員均依核定之乘客定額清點，未有人數超載，另後甲板區確實裝載少量民生必需用品，如蔬菜水果及郵局快遞等物品。依客船管理規則規定，目前航港局核定後甲板區擺放機車及旅客隨身行李等物品。
由於近日東港貨船碼頭擴建導致營運時間縮短，該區域經營貨物運送僅一艘船，每日僅運送一次，造成居民十分不便，各客船在安全無虞情況兼載小琉球民用生物資，解決離島居民日常所需，並非以營利為目地。
爾後交通部航港局仍加強船舶航行安全宣導及請客船業者遵守不得兼載貨物之規定，尤其貨船碼頭正式擴建完成使用後，客貨運送將由不同船種來運送，亦會列為未來檢查重點。