三讀修正通過條文明定，聲請通訊監察書應記載偵、他字案號及規定事項，監察對象非電信服務用戶，應予載明；並檢附相關文件及監察對象住居所調查資料，釋明有相當理由可信其通訊內容與本案有關，且曾以其他方法調查仍無效果，或以其他方法調查，合理顯示為不能達成目的或有重大危險情形。
三讀修正通過條文明定，一般犯罪通訊監察書聲請、核發、執行、通訊監察所得資料保管、使用、銷燬，應就經辦、調閱及接觸者，建立連續流程履歷紀錄，並應連線台灣高等法院通訊監察管理系統。其他執行通訊監察機關每月應將所有截聽紀錄以專線或保密方式傳遞到高院通訊監察管理系統。
另外，依規定執行通訊監察取得內容或衍生證據與監察目的無關者，不可作為司法偵查、審判、其他程序證據或其他用途，並依規定銷燬；違反規定的監聽行為取得內容或衍生證據，在司法偵查、審判或其他程序中，不得採為證據或其他用途，並依規定銷燬。
此外，須先經檢察署立案才可向法院聲請監聽票；單一監聽票聲請以單一監察對象為限；監聽不得作為政治偵防或其他使用；監錄內容顯然與監察目的無關者，不得做為譯文；調取通聯紀錄除少數組織犯罪等，須符法官保留，依令狀主義，向法院申請核准。
三讀修正通過條文明定，監錄內容顯然與監察目的無關者，不得作成譯文；公務員或曾任公務員者違法將通訊監察資料挪作他用，處3年以下有期徒刑。
三讀修正通過條文明定，執行機關應在執行監聽期間內，每15天至少作成1次以上報告書，說明監聽行為進行情形，及有沒有繼續執行監聽需要。檢察官或核發通訊監察書的法官並可隨時命執行機關提出報告。
此外，增列如有違反廢棄物清理法規定，任意棄置有害事業廢棄物等，或有違反森林法規定，竊取林木等情形，都可依法監聽。法務部每年應向立法院報告通訊監察執行情形。立法院在必要時，可請求法務部報告並調閱相關資料。
院會通過附帶決議，立法院可設跨黨派監督小組，監理通訊監察法制及執行現狀。立法院必要時可請求法務部等相關機關報告並依法調閱相關資料，且可隨時依法派員到建置機關、郵政事業或其他協助執行通訊監察機關及處所，或用電子監督設備，監督執行情形。
院會也三讀修正通過刑事訴訟法部分條文保障救濟程序，如果被監聽人認為監聽有瑕疵，可向法院提起抗告，且法院須實質審理，不能以監聽執行終結為由就不受理。