國道計程收費才剛上路，eTag卻「頻頻出包」，陸續傳出重複扣款、客服打不通，以及遭駭客入侵、個資恐外洩疑慮。對此，遠通電收強調，將加強交易檢核機制，避免再次發生類似情況，而針對權益受損客戶將以個案處理提供補償。而官網與用路人帳戶監理資料庫系統並不相連，民眾無須擔心個資「全都露」。
遠通電收自上路後風波不斷，有立委砲轟eTag發生重複扣款，或是南下用路人卻遭北上門架扣款，想客訴卻發現客服打不通，更傳出遠通電收APP及官方網站相繼被駭的消息，導致民怨四起、怨聲載「道」。逼得交通部長葉匡時說出重話，如果再有問題，就要遠通「加倍奉還」，對民眾提出補償機制。
對於外界諸多質疑，遠通電收今(8)日一一做出回應說明。其中，針對民眾投訴重複扣款問題，像是1秒內扣款2次，遠通電收指出，從計次轉為計程收費過程中，後端系統須進行優化調校，但因交易量從100萬筆增加到1,400萬筆，使得大量資料移轉過程發生一次性疏失，導致系統未排除重複偵測的情況下出帳，才會造成重複扣款。
至於南下北上雙向門架同時扣款情況，遠通電收發言人周世惠進一步說明，因門架的天線感應範圍大，因此可能出現重複掃描eTag，而有2筆扣款記錄情形，但經過後端的交易檢核機制即會剔除，不會多收用路人通行費。此外，為了便民設計的1小時內餘額查詢功能，其所提供的資訊為尚未校正的「原始資料」，實際扣款仍須以3天後出帳帳單為準。
同時，遠通電收表示，自1月2日到7日期間，共湧入8,000多筆交易數，其中只有121筆出現重複扣款的異常情況，目前已主動調帳排除，客戶權益不會受到損害，並會透過個案方式處理，提供相對應的補償機制，以一定比例的金額進行補償。對於民眾抱怨客服專線打不通問題，會將客服席位從120席增加到150席，以24小時排班，白天最高可100人同時上線，以滿足進線需求。
另外，民眾所關心的資安問題，遠通電收強調，此次官網遭駭客入侵，經查證後確認僅有最外層遭攻擊，駭客並未取得電腦密碼，加上放置用路人相關資訊的監理資料庫，並未放在遠通電收的網站或任何電腦系統，所以用路人無須擔心個人資料有外洩的疑慮。