使用證券交易稅或期貨交易稅網路申報，只須上財政部電子申報繳稅服務網站（http://tax.nat.gov.tw）下載申報軟體，以工商憑證或申請身分簡化認證，登錄證券商、期貨商基本資料後，證券商於交易日3日內、期貨商於交易日次日內登錄每日交易紀錄資料，或透過財政部公告之格式自行產出「每日交易資料媒體檔」匯入報稅系統，即完成每日交易資料申報。至於稅款繳納方式，可持電子申報繳稅系統列印之附條碼繳款書，至代收稅款金融機構繳稅，應自行繳納稅款在2萬元以下者，亦可以現金到便利商店繳納。另月報表電子申報方式，系統可自前揭「每日交易資料」自動彙整成代徵(繳納)月報表，供代徵人或納稅義務人編輯確認，或透過財政部公告格式自行產出月報表媒體檔匯入報稅系統，於次月5日前完成上傳申報。
該局呼籲，為確保電子申報之正確性與便捷性，應隨時至網路報稅網頁軟體下載區確認目前所用之報稅軟體是否為最新版本，並以最新版本進行電子申報，如對其相關作業程序及細節有疑問，可向所在地稅捐稽徵機關洽詢。