前國防部長高華柱案發後震怒，楊文鎮隨即被調職為非主管的陸軍司令部少將委員，指揮官一職由後備司令部副參謀長朱富圓少將接任，被害女士官調離原單位。
今年9月23日，陸軍司令部發函通知楊文鎮，指依「逾越編制員額」規定，及案發後將屆滿一年，依法楊需退伍，通知楊繳交退伍所需相關資料，並將呈報其退伍案至國防部。
但楊文鎮認為，只有女士官單方面指述，且猥褻案還在高等法院審理中，拒絕配合；並主張他官拜少將，退伍職務變動依法須由國防部報請總統核定，他質疑陸軍司令部違法，因此打行政訴訟。
陸軍司令部指出，依規定，將級軍官核定退伍權責為國防部，依法該司令部應在完成資料審查後，呈報國防部核定其退伍命令，而且楊調任的「委員」一職是一般軍職，核定其退伍的權責機關是國防部，和陸軍司令部無關。
台北高等行政法院認定，陸軍司令部並無核定楊退伍與否權責，其權責機關是國防部，判楊敗訴。