針對清境民宿問題，南投縣政府擬以《新訂清境風景特定區計畫》尋求解決；此規畫是否刻意為違法者量身訂作？縣府秘書長陳朝旺表示，面對這種累積數10年的老問題，政府除了開罰外，是否也該思考比較圓融的解決方式？
馬文君指出，《看見台灣》引發一面倒的聲浪，指清境地區是破壞水土的元兇。但實際上清境地區獨特的高山草原及歐洲風味民宿，極少傳出災情，還贏得「東方瑞士」的美名，替南投帶來觀光人潮。
清境觀光協會理事長魏振宇拿出1張「清境農場古今對照圖」，指民國51年當時的見晴農場（清境農場）道路沿線幾乎一片光禿，沒有什麼樹木。到99年時，可見成片的森林，證明業者種樹造林，做好水土保持，這樣努力，卻被誤導成濫建、超限利用。魏振宇等人還拿出九份與清境的空照圖，證明清境與九份相比，其實算是低密度開發。電影裡很多場景與清境無關，卻將過錯怪罪到清境。
清境永續發展協會理事羅介鴻表示，寫實不等於真實，表象不等於真相，片中拍攝滿目瘡痍的山坡面積大於10餘倍的清境。清境只是其中山脊的緩坡平台，90%土地是國有地、原住民保留地、台大山地實驗農場、林班地組成，淤積的萬大水庫上游是塔羅灣溪與馬海僕溪，淤積土石來自於廬山地區，與清境是不同的水系，但畫面卻誤導淤積與清境有關，清境居民承受極大汙名。