行政院11月29日表示，陸方劃定東海防空識別區事前未與台灣諮商，導致與台灣的防空識別區、飛航情報區重疊，政府認為此舉無助於兩岸關係正面發展，將循管道向陸方表達嚴正立場。
對此，行政院大陸委會今天表示，陸委會已在第一時間，於上個週末（11月30日）主動與大陸國務院台灣事務辦公室進行直接溝通，表達政府對大陸方面片面劃設東海防空識別區的嚴正關切與立場。
陸委會向陸方表達政府的不滿與嚴正立場，認為此舉無助於兩岸的互信及良性互動，更易引起區域情勢的不安；並且，政府公務航空器及相關戰備演訓，仍將依既定規定進行，不會因陸方片面劃設而有所改變。
陸委會也重申對於釣魚台列嶼的立場與主張，希望陸方重視總統馬英九提出的「東海和平倡議」，並呼籲各方應以和平對話方式，降低緊張局勢。
陸方則對陸委會強調，劃設東海防空識別區是應對外部局勢需要，並不是針對台灣。