前農委會家衛所所長投書媒體指出，棉酚的有毒物質可能經長時間攝取，造成動物心臟、生殖功能等慢性病變、棉酚殘留體內，累積到畜產品中，甚至可能因攝取過量棉酚而中毒死亡。
農委會表示，棉籽雖含棉酚成分，但適量添加於成年反芻動物飼料中，不致造成動物中毒或肉類及乳品過量殘留危害，也僅添加到成熟的反芻動物飼料中，沒有加於單胃動物、反芻動物幼畜及種畜使用。農委會說明，國內第1批棉籽的棉酚檢驗結果為3,800 ppm，依2-7%比例添加到飼料中後，棉酚含量為100-350 ppm，都低於歐盟規定的棉酚最高含量5,000 ppm，配合飼料最高含量為500 ppm。
農委會說明，如果一隻600公斤重的牛隻，每日食用10公斤飼料計算，而每天就會攝取到1到3.5公克的棉酚；而歐盟或美國相關報告顯示，牛隻每100磅的體重可容許1公克棉酚，以600公斤體重牛隻計算，每日可容許13.2公克棉酚，同樣低於歐盟及美國報告。
農委會指出，1992年國際間曾有成年乳牛發生棉酚中毒事件，其棉籽的棉酚含量高達13,000 ppm，濃度更高達歐盟標準的2.6 倍，而乳牛飼糧添加棉籽更達13.8%，高濃度添加棉籽就可能造成動物棉酚中毒。
為讓民眾能免於棉酚殘留疑慮，農委會表示，將儘速增訂棉籽輸入查驗規定，加強棉籽源頭管理，確保棉籽及飼料使用的品質安全，並進行相關棉籽及畜產品抽驗，如動物內臟、乳品、肉類等畜產品，並適時發布抽驗結果，提供消費者參考。