政大金融系教授殷乃平表示，資金能自由流進、流出，是全世界自由經濟示範區的特色，從央行的態度看來，仍採傳統控管的「老舊」思維，若資金不能自由流通，就不叫自由經濟示範區，原先規畫的效果自然無法達成。
不過，殷乃平認為，央行要求對自經區的金融業管理是對的，但焦點應該放在自由經濟示範區內、區外的防線怎麼界定?因為這不僅牽涉資金問題，還有稅制考量，避免廠商在中間遊走，把區內免稅的優惠帶到區外來。
殷乃平也認為，經建會將金融業納入自經區立意雖好，但很多細節問題仍沒有想到，沒系統的規畫，在自經區上路後，問題恐一一浮現。
中經院副院長王健全認為，自經區不僅招商要更積極，中央、地方應加強協調，他以南韓仁川經濟特區為例，因中央、地方溝通不足，導致各吹各的調，台灣必須重視這個問題，才能避免自經區淪為一場空。