中新社今天引述上海市高級人民法院副院長盛勇強說，上海自貿區掛牌運作後，區內與投資、貿易、金融、航運等有關的糾紛隨時可能產生並涉訟，急需設置具有較高專業化水準的相應審判機構。
新成立的自貿區法庭由上海浦東新區法院設立，主要審理與自貿區相關的民商事案件；判決和裁定即為浦東新區法院的一審判決和裁定，二審案件則由上海市第一中級法院管轄。
浦東新區法院院長郭儉說，新成立的這個法庭，將強化司法對自貿區金融制度創新先行先試的支撐，精心審理涉及人民幣資本帳可兌換、金融市場利率市場化、跨境融資自由化、金融產品創新等金融案件；並強化司法對知識產權（智慧財產權）保護主導作用。
上海自貿區案件二審法院上海市第一中級法院副院長湯黎明則說，上海第一中院已成立「上海自貿區司法問題應對小組」和「研究小組」，並已在金融審判庭設立自貿區案件專項合議庭。
上海市檢察院派駐中國（上海）自由貿易試驗區檢察室今天也正式成立，網羅十餘名具有國際貿易、金融、商貿等專業知識的檢察官。
上海自貿區檢察室主要職能包括辦理自貿區內刑事案件、查處自貿試驗區內職務犯罪、履行相應法律監督職能，開展職務犯罪預防和金融、航運、商貿等領域的犯罪預防等，參與自貿區有關法律調整制定等。