衛生福利部自10月1日起推動公費流感疫苗接種，行政院長江宜樺3日在行政院院會關切公費流感疫苗施打的狀況。
江揆指示衛福部、內政部、教育部和農委會與地方政府合作，共同加強高風險族群施打公費流感疫苗，維護民眾的健康。行政院發言人鄭麗文轉述說：『(原音)為了維護民眾健康，請衛福部、內政部、教育部、農委會與地方政府合作，共同加強高風險族群施打疫苗，另外也請本院發言人辦公室安排公益宣導，使民眾瞭解接種疫苗的重要性，並及早前往施打。』
江宜樺表示，除了公費疫苗接種對象外，其他民眾也可評估自身需求，自費施打疫苗；另外，衛福部也協調醫療院所於24日在行政院1樓大禮堂替部會首長和院內同仁施打疫苗，並依規定收費。
此外，關於H7N9禽流感防治，江宜樺指出，H7N9流感對國內防疫仍具威脅，且病毒可能持續變異而提高傳播力，再加上時序進入秋冬季候鳥南遷期間，疫情流行風險升高，他指示農委會務必落實國內野鳥監視作業，並與衛福部加強國內外疫情監測，落實人禽介面管理工作。