根據法務部資料，第1個疑點是，特偵組針對90萬資金來源的監聽方式不符常理。特偵組表示，是偵辦涉貪法官陳榮和時查扣90萬元，因陳榮和對金錢來源供述不一，特偵組另行簽分100年度特他字第61號，卻在繼續偵查過程中，發現柯建銘涉入關說假釋案，因而向台北地方法院聲請監聽柯建銘。
但管碧玲說，陳榮和在99年7月12日被查扣90萬元、當年11月18日偵查終結起訴，並在100年6月底一審判決，特偵組簽分特他案的時間點卻遲至100年11月8日，是偵查終結起訴的1年後、一審判決的4個月後，特偵組對90萬窮追不捨，不合常理。
特偵組指監聽柯建銘僅有100年度特他字第61號，管碧玲提出第2點質疑，監聽票號不連貫，且部分監聽票時間重疊，顯見特偵組已是監聽他案，特偵組明顯說謊。
她明確指出，特偵組自101年3月19日自102年4月23日的22筆監聽票號都連貫，第22筆監聽日是4月25日至5月24日，但第23筆的監聽日期卻是5月16日至6月14日，兩筆日期重疊，且第23筆至第28筆的監聽票號變成102監字79、97、112、113、128、129等，字號、日期兜不攏，已是另案監聽。
第3點質疑是，100年度特他字第61號所申請的監聽票，共計28張，包括9筆擴線監聽，對照檢察總長黃世銘曾在記者會上表示，特偵組採取最小限度的監聽，只針對柯建銘，並未針對國會議長，管碧玲要問，若只針對柯建銘，如何解釋這些擴線監聽，她呼籲特偵組公布所有監聽資料，以昭公信。
而台北地檢署迄今已接獲近20起告發檢察總長黃世銘與特偵組涉嫌洩密、違法監聽案，並交由檢肅黑金專組主任檢察官張介欽偵辦。