總統馬英九1日南下屏東枋山了解自強號衝撞土石流事故原因及南迴鐵路搶修狀況，他除要求台灣鐵路管理局檢討發生事故的環節，並提出3大指示，包括全面清查危險路段、檢討預警系統、強化邊坡安全性，避免類似事件再次發生。
馬總統在上午9時30分抵達屏東枋山車站，隨即搭上工程車，前往視察枋山2號隧道受損情形，看著變形扭曲的第5節車廂，馬總統表情凝重，並仔細詢問事發情形及搶修狀況，而馬總統在臨離去前，也走到土石流堆，與搶修人員握手，慰問他們的辛勞。
馬總統並在聽取完台鐵簡報後，要求台鐵一定要全面清查南迴鐵路，找出危險地段，避免類似情形發生，並檢討預警系統，強化邊坡安全性，同時，檢討這次發生事故的環節。
馬總統表示，在邊坡強化還無法馬上完成下，要想辦法爭取預警的時間，而且在南迴鐵路還沒有搶通前，旅客的接駁要做好，不要讓民眾感到不便。同時，在極端氣候下，馬總統說，即使無法做到百分之百的預警，也要做到料敵從寬，禦敵從嚴。