台灣農村陣線，在19日具狀控告劉政鴻，涉嫌貪汙瀆職，並要求特偵組介入調查，不過最高檢察署，將全案發交苗栗地檢署偵辦，對此 農陣表示，將會持續蒐集相關事證，為大埔農民討回公道，而劉政鴻除了發聲明稿澄清，也表示會全力配合司法調查。
最高檢察署認為，特偵組主要權責為，調查國家元首、中央政府官員，及軍事將領貪瀆行為，地方首長並非管轄範圍，因此發交苗栗地檢署辦理。
苗栗縣長 劉政鴻：「現在既然已經進入司法程序，我們縣政府以及個人政鴻，也絕對配合我們特偵組偵辦。」
針對農村陣線，所提出的三項指控，劉政鴻也發出聲明稿澄清，強調之所以向台電，爭取10億元回饋金，是因為通霄電廠設立後，恐對通霄及苑裡地區，生態及漁業資源造成影響，而所有回饋金也都用於地方建設，此外針對位於，高鐵苗栗車站特定區的，自家住宅可免遭徵收拆遷，劉政鴻也舉證，該建物早在民國68年土地登記，就是「建地目」並非農地，因此可原址保留，也沒有抽籤配地的問題。
台灣農村陣線發言人 蔡培慧：「我相信這個劉縣長，一定有很多檯面上的說法，那事實是不是如此，就交給檢調來調查，那我們所掌握的證據是非常多，現在都已經交給檢調單位了。」
由於全案已進入司法程序，因此兩造皆表示，將全力配合司法調查，儘管未能如願地，讓特偵組介入調查，不過農村陣線強調，會持續蒐集有力事證，為當地居民討回公道。