台大醫院創傷醫學部主任柯文哲因愛滋器捐案面臨司法院公務員懲戒委員會處以降兩級改敘處分。柯妻、台北市立聯合醫院和平婦幼院區小兒科醫師兼主任陳佩琪為夫喊冤，質疑台大醫院有人涉嫌偽造文書，使柯扛起全部責任。
台大院長黃冠棠說，院方該面對就面對，已透過公關室表明台大醫院絕無偽造文書。事件發生時擔任院長的內科教授陳明豐說，院方一直配合調查，調查人員自有評斷，事情並不是柯文哲想的這樣。
當時擔任副院長的張上淳今天以個人身分找柯文哲溝通，事後他說，絕對不是做一個坑給誰下跳，從來沒有這樣想法，最大的誤會是器捐案檢討報告「一切都是我負責的」，事實上，報告是集體討論而成。
誤會癥結是當時台大器官勸募白皮書附件，是否明定須先電腦登錄捐贈者驗血資料才能使用器官。陳佩琪質疑，白皮書被造假為須先登錄才能用器官；但張上淳說，他誠實告知調查人員，原本沒寫須先電腦登錄，只是平常作業流程有這麼做。
張上淳和柯文哲認識約20年，原本是很好的朋友，今天2人相談1個小時，是近年談話最久的一次，張上淳認為把話講開了，也願意與陳佩琪溝通。
陳佩琪說，「沒有真相就沒有原諒」，要談話的話，看張上淳要不要；不過，柯文哲聽到妻子下午2時在台大醫院大門口開記者會，匆匆趕到現場，拉著妻子上車前往法鼓山。
民國100年8月24日的愛滋器捐案，因為檢驗人員與器官勸募協調人員電話口頭溝通失誤，導致台大與成大醫院有5名患者被植入愛滋感染者的器官。