總統馬英九今（4）日出席洪仲丘告別式後，在個人臉書上表示，洪仲丘案顯示軍中制度面的嚴重缺失，他向洪仲丘爸媽保證，「我也是有小孩的人，如果發生在我家，我也會一樣的痛心與憤怒，感受是一樣的」，他會負起責任來，強力督導國軍改革，不允許類似事件再發生。
馬總統表示，這個案子的發生，顯示出軍中制度面有嚴重缺失，才會出現這樣違法濫權的情況，不但從禁閉的決定到執行，乃至於急救的過程，都有嚴重的缺失。他說，軍方在他的要求之下，在7月26日提出了出13點重大的改革，「我會以三軍統帥的身份強力要求並監督他們執行」，未來務必要杜絕類似事件的重演。
馬英九強調，軍方及他關心的不只是仲丘這個個案，針對以前類似被懷疑是冤案的案件，行政院要成立一個「軍事冤案申訴委員會」，由政府及學者專家、民間團體所共同組成，對於過去曾經發生的案子來主動加以過濾，如果條件許可的話，也可以重啟調查，甚至於不排除「再審」或是「非常上訴」，這個會由「軍事冤案申訴委員會」來處理。
馬英九說，他向洪爸爸、洪媽媽保證，「我也是有小孩的人，如果發生在我家，我也會一樣的痛心與憤怒，感受是一樣的」。 昨天看到許多民眾在凱道送仲丘、討真相，「大家的訴求我們可以了解及認同」，所以他要求行政院江院長在遊行集會結束之前，就提出4點具體的回應。
馬英九表示，洪仲丘絕對不能，也不會白白的犧牲，要把不幸與民眾的憤怒，轉換成改革的動力，杜絕類似事件發生，這樣才能使所有的軍眷、家屬放心地讓他們的親人到部隊當中保家衛國。
馬英九表示，身為總統，他要再次表達非常遺憾發生這樣的事情，「我會負起我的責任來，強力督導國軍改革，絕對不允許類似事件再次發生」。