軍檢指出，國軍新竹分院林姓護士，接受請託介入協處，使洪仲丘執行悔過懲罰案的體檢表，「超乎常情、快速取得」，因林女為聘僱人員，將移由軍醫部門查處。
陸軍五四二旅部分，軍檢調查指出，除前旅長沈威志等六人應負刑事責任外，其餘簽報移送禁閉人員、提供錯誤資訊人員、會辦審查不實人員、草率核章層轉人員及參與士評會受誤導做出錯誤懲罰建議的人員等十一人，均有疏失，專案小組於結案後，將移請權責機關按規定懲罰。
軍檢還表示，二六九旅負責禁閉室的管理，除郭毓龍、陳毅勳及蕭志明等十人應負刑事責任外，其餘對禁閉室督導管理及負責訓練課程規劃的各級主官管及承參六人，均有疏失，專案小組於結案後，將移請權責機關按規定懲罰。