農委會農糧署未補助因為天然災害所造成的農業損失，而是採取下列三項輔導措施：第一、清園補助：針對水稻罹病受損率超過80%以上，倘若農民自願放棄收穫，全數耕鋤或棄置未採收者，補助金額為每公頃3.6萬元，且該田區不得再申請其他補助及繳交公糧(含災害穀)；第二、補助肥料資材：倘水稻收割前罹病率達30%以上，由公所完成勘查並符合規定者，補助農民購買肥料資材(土壤肥力改良資材等)每公頃六千元，由中央補助三分之二—即四千元，餘由地方政府配合；第三、有機質肥料補助：針對水稻已收穫，現場難以供勘查者，有意願施用有機質肥料改良土壤提升抗病力田區，依「國產有機質肥料推廣計畫」規定補助農民購置有機質肥料，每公頃補助上限六千元。對此，筆者召開記者會，抨擊政府為德不卒，因為稻熱病升溫，稻農卻苦哈哈，補助標準又提高，形成農民看得到吃不到的荒謬景象。
筆者認為穗稻熱病事件中，中央農政單位所做之補助措施有待檢討：首先，穗稻熱病發病完，有些地區皆已收割後，農糧署才公佈第一次相關補助措施，稻農批評農糧署的危機處理能力如此緩慢，以拖待變的心態相當可議，目的無非是想減緩補助或是降低補助，未有視病猶親之同理心；其次，以當時全台受因穗稻熱病染病地區，多數農地染病面積大概約2至7成左右，8成以上感染的稻田比例較少，如果依據農糧署所公佈的—受損率超過80%以上補助金額為每公頃3.6萬元，大部分農民根本無法申請到補助，農委會此舉根本是在欺騙農民，敷衍了事；其三，農糧署對外表示針對補助肥料資材部分：倘水稻收割前罹病率達30%以上，由公所完成勘查並符合規定者，補助農民購買肥料資材(土壤肥力改良資材等)每公頃六千元，由中央補助三分之二即四千元，餘由地方政府配合，如果縣市有錢就補助，沒錢就不補助，這是什麼樣的「一國兩制」政策？其四、農委會針對水稻已收穫，現場難以供勘查者，農民將可申請購置有機質肥料，每公頃補助上限六千元。此舉造成農民大反彈，因為，農民得先花三萬多元購買有機質肥料，才能請領最多六千元補助，農民不滿指出先得花一大筆錢買肥料回家放，農委會如此補助根本沒有道理。最後經各界批判後，農委會才終於修正補助措施，即農民在現場勘查前就收割完，只要提出繳穀證明或秤單佐證今年產量比去年減少30%以上，就可申請肥料資材補助，每公頃補助六千元，由中央補助三分之二即四千元，餘由地方政府配合。
從這整個事件顯示出中央農政單位對協助農民災損的政策總是慢半拍，農委會主委陳保基的決策能力也是有問題。筆者不禁深思政府究竟在幹什麼？中央農政單位危機處理能力再次備受質疑，政策判斷錯誤導致稻農被政府耍得團團轉，農委會需對穗稻熱病事件深切檢討，未來如果有類似穗稻熱病相關疫情嚴重案例，筆者建議中央農政單位應妥善處理並比照「農業天然災害救助辦法」專案補助每公頃14,400元，以減少農民損失。
最後，筆者呼籲農委會未來處理有關農業損失補助措施時，應仔細、認真檢討，實際拜訪受災農民，了解受災狀況，才能對症下藥，制定合宜的補助措施。否則，政府的錯誤政策將使得農民血本無歸。