全球市場互通有無下，外銷明星產品也常成被仿或竊取品種、專利的對象。農委會統計台灣蝴蝶蘭，包含朵麗蝶蘭及蝴蝶蘭，年外銷總金額達1億1417萬美元。
為保障蝴蝶蘭品種權，種苗改良繁殖場助理研究員張惠如指出，目前品種檢定方法，仍以花色、花形、株高、花朵大小與形狀等70多種外表性狀作為區分依據。
不過，當品種權出現爭議時，若尚未開花，可能無法區分，而基因（DNA）分子標誌則可以解決此種情況的鑑定缺口，只需用瓶苗或葉子就能鑑定品種。
張惠如進一步說，類似動物生命條碼的植物品種基因分子標誌系統已成國際趨勢，且遵循世界貿易組織（WTO）規範，各國應立法保護植物品種權，2005年6月30日，農委會也依據國際植物新品種保護聯盟（UPOV）1991年公約精神修正公告施行「植物品種及種苗法」。
種苗改良繁殖場場長楊佐琦說，上述法實施以來，共計160種植物種類申請品種權，其中一種為蝴蝶蘭類（朵麗蝶蘭及蝴蝶蘭）申請件數730件，品種也是730種，為最大宗。
楊佐琦表示，目前使用基因分子標誌建置完成的蝴蝶蘭類品種資料有50件（品種），預計年底可完成200件（品種）資料建置。
但他也說明，因為台灣不是聯合國會員國，所以不能加入UPOV，必須一一與各國簽定品種權登記機制，目前已完成的國家有美國、歐盟27國、以色列、澳洲、紐西蘭、日本及俄羅斯等，中國大陸去年已完成品種權互相採信機制；其中美、日是台灣最大宗外銷國。
楊佐琦補充，台灣品種權者必須到對方國完成品種權登記作業，才能啟用；若在這些國家發生品種權侵犯糾紛，除了外表性狀，將可以提出基因分子標誌資料佐證，確保品種權與商機；目前荷蘭民間的基因分子標誌收費1件約新台幣1萬多元。