兩岸政府推動互設辦事機構，引發極大爭議，不僅是在野政黨反對，連執政黨自家立委都喊出：若是沒有拿到探視權、領事權等實質功能，不會支持相關法案草案通過。
但在中國上海，海基會與中國海協會仍達成共識，要將互設辦事機構列為第十次兩會高層會談的議題之一。
種種跡象都顯示，兩岸互動即將由過去較為單純的經貿議題，進入實質複雜而且高階的政治議題，這也將是兩岸政權隔海對峙六十四年來，直接在主權議題上碰撞交手。
早在二○○八年馬政府上任初期，兩岸兩會恢復制度性協商所召開的第一次高層會談（江陳會談）時，雙方就曾碰觸過相互設處議題，當時是由前海協會長陳雲林主動拋出風向球，對於將核發台胞證的香港中國旅行社，直接在台灣設立的可能性，探詢我方意見；海基會秘書長高孔廉當時見招拆招，反問陳雲林是否願意談談兩會直接互設辦事處。
由於陳雲林當時並未獲得中共中央授權談互設辦事處的議題，此後幾年就沒有再行提出，但在二○一二年的三月間，陳雲林主動發表「希望第九次江陳會談時，展開海基會與海協會互設辦事處的協商」，頗有要求台灣表態，接不接受兩岸關係要「由經轉政、由淺到深、由低到高」。
從馬政府的態度可以發現，答案是肯定的，而且頗有希望達成目標的時間表壓力。
政治性議題的協商，難度更高，除非是兩岸高層已經透過管道達成默契，為相互設處下指導棋，解決了關關卡卡的技術問題，否則，這些馬政府的官員們怎麼會如此故弄玄虛？
兩岸不是不能相互設處，台灣是主權獨立的國家，他國在台設處自然就是立基在國與國之間的關係上，相互設處擁有領事權及探視權，是天經地義之事，但馬政府始終堅持兩岸非國與國關係，才會讓設處問題搞得如此天怒人怨。