衛生署疾病管制局於5月20日接獲某醫院通知，一名住中部20歲女性輕微肺炎病患之呼吸道檢體分離出無法次分型之A型流感病毒，經進一步檢驗並進行基因定序為H6N1流感病毒。
疾管局指出，這名女性是在一家早餐店工作，未曾出國，也未有相關禽鳥接觸史，5月5日出現發燒、咳嗽、頭痛及肌肉痠痛等症狀後，5月8日凌晨因持續發燒及呼吸急促而就醫住院治療，經X光檢查顯示有輕微肺炎，在投予流感抗病毒藥物後症狀好轉，於5月11日出院，目前已康復。
經調查個案密切接觸者36名，其中4人有類流感症狀，經檢驗都未發現H6N1流感病毒感染。經邀集農政單位及相關醫學與獸醫專家召開會議討論，依現有流行病學調查結果研判，本案是以輕微肺炎表現之散發個案，無證據顯示有人傳人現象。
H6N1為普遍存在家禽間的低病原性禽流感病毒，全球未曾發現人類感染病例。這次由病患所分離之病毒基因序列顯示屬禽源性，與本土家禽H6N1病毒株最為接近。