廣大興28號遭槍擊案，目前仍處於調查階段，但「紐約時報」及「國際先驅論壇報」分別在13日、14日刊出該報自馬尼拉的報導，指出菲律賓國家調查局（NBI）已完成調查報告，裡頭建議對該國海巡隊員提起刑事及行政訴訟，目前就等總統艾奎諾三世（Benigno Aquino III）做最後的定奪。
外交部表示，「紐約時報」及「國際先驅論壇報」已多次引用我方說法，首先指出「廣大興28號」遭槍擊後留下的45個彈孔並非集中在漁船引擎，且菲國公務船的噸位是我漁船7倍之多，試圖衝撞的說法難以成立等具體事證，反駁菲國所稱本案係肇因於菲國海巡隊員試圖登上台灣漁船檢查，遭漁船拒絕並試圖衝撞菲國公務船的不實說法。
該報導還引述外交部新聞稿指出，「廣大興28號」漁船事件係發生在台菲重疊的專屬經濟海域，台菲雙方均有權在該海域捕魚，且攻擊事件發生後，菲國公務船未對遭襲船隻提供援助，違反國際法及人道主義原則。
報導還指出，因為這起事件，已造成雙邊關係的緊張，我外交部呼籲兩國應該儘速就台菲間相關海域進行漁業談判，以避免未來發生類似不幸事件。