馬總統接受日本共同通信社專訪，談到今後3年台日關係發展及課題的抱負時表示，其中很重要的一環在於整個東亞情勢的改變，台日雙方在經貿方面的關係還有很大的發展空間。
總統認為，過去5年當中，台灣與第一大貿易夥伴中國大陸簽了兩岸經濟合作架構協議（ECFA），與第三大貿易夥伴美國也準備在1994年雙方簽訂貿易暨投資架構協定（TIFA）的基礎上，開始一步步洽談各類經貿議題，中間獨缺第二大貿易夥伴日本。
他表示，希望在這個領域能與日本締結類似的協議，以促進雙方貿易關係進一步發展。
總統說，有了投資協議後，日本來台灣的投資會增加，也希望台灣到日本的投資能夠增加。他知道日本方面也有意把一些在海外投資的公司移轉到台灣來，所以這裡面還可以大大地發揮。
他表示，台日雙方關係有了好的開始、好的基礎，應該在這個軌道上繼續向前邁進、向前探索，找出更多合作空間。
總統說，就在前年日本宣布要加入跨太平洋夥伴協議（TPP）時，台灣也表示願意加入；日本已成立一個籌備工作的專案小組積極辦理，台灣在加入的條件上尚未完全齊備，所以還在創造條件的階段。
因此，總統認為，台灣在這個領域上不是沒有合作的空間，因為一旦日本加入的話，TPP成員與台灣有經貿關係的，就從1/4增加到30％以上，重要性會更增加，也就是台灣加入的優點更多，所以將來不但是雙邊貿易可以成長，也讓台灣可以融入區域經濟整合，這對於東亞地區的安定和繁榮都是有幫助的。
馬總統說，另一個則是由東協、日本、韓國及中國大陸所主導的區域全面經濟夥伴關係（RCEP），台灣期盼能夠參加，因為台灣也是區域經濟很重要的一員，希望與日本在這個領域上合作，得到日本的協助。