會計法修正案突然在立法院上會期最後一刻三讀通過，讓民意代表與學者報支經費有條件除罪，不但被質疑是「為貪污除罪」，更傳出有立委不滿黨團擅自協商、簽署通過。
對於會計法修正引起的種種爭議，公民監督國會聯盟5日在立法院舉行記者會，批評會計法修法過程是黑箱作業，少數決策的協商制度弱化了委員會功能。
公督盟執行長張宏林也譴責立法院長王金平不願依法公開朝野協商錄影、錄音記錄，並要求廢除朝野協商這項制度。張宏林說：『(原音)應該公開會計法修法黨團協商記錄內容，因為全台灣人都太好奇了，3個在野黨為什麼要出賣自己的靈魂，到底換到什麼東西？再來，我們認為人民拒絕黑箱立法，所以廢除黨團協商可能是一勞永逸的方法。』
公督盟並指出，馬英九總統應該要求行政部門對會計法修正案提出覆議，否則就是貪污共犯。