湖山水庫壩底截水牆沒有連結、缺口0.86公尺的消息引起震驚，經濟部水利署會同專家學者等各界會勘，並諮詢美國墾務局（USBR），確認採全套管基樁工法，於5月25日改善施作完成。
南投2日地震引起民代對湖山水庫安全關切，雲林縣議會縣政總質詢中議員關心之外，立委劉建國邀請經濟部水利署長楊偉甫、雲林縣政府、古坑鄉公所等勘查截水牆缺口改善情況。
水利署中區水資源局簡報指出，相關人員進行二級品管開挖檢查壩基，發現截水牆未銜接，經審視品管文件並無異常，檢討原因是誤判原放樣點導致削掘錯誤，並檢視其餘截水牆確認都連續，且大壩安全無虞。
楊偉甫說，地震後3小時，全台水庫包含興建中的湖山水庫，完成安全檢測無虞；全球水庫耐震度最高標7級，湖山水庫比照九二一地震規模7.3設計，因此耐震度超過最高標。
中水局表示，截水牆改善工法採全套管直徑2公尺，挖深38公尺，使用具彈性的原塑性混凝土澆置，經第三公證水利技師工會檢核垂直度超過高標，對於事件引起各界恐慌再致歉意，並對各界指導再表謝忱。