未來衛生福利部將有8司、6處，以及所轄疾病管制署、食品藥物管理署、國民健康署、中央健康保險署、社會及家庭署及國家中醫藥研究所，下轄26家醫院、6家老人福利機構、1家少年之家、3家兒童之家及3家身心障礙福利機構，總員額數為12331人。
衛生署發言人王哲超指出，在組織改造為衛福部之後，原衛生署的人員編制基本不變，內政部社福部分的業務、人力移交到未來的衛福部，未來的衛福部長在權責範圍內，與上級主管機關討論後，可在總員額度，適度調整人力配置。
王哲超舉例，未來可彈性增加食品藥物管理署人力，以加強把關食品安全，或是增加疾病管制署員額，因應重大疫情發生。