根據初審通過的《濕地法》草案條文，非經主管機關許可，禁止在重要濕地或其上游、周邊水域投放化學物品，排放或傾倒汙（廢）水、廢棄物或其他足以降低濕地生態功能的汙染物等。
草案並訂有罰則，若有禁止從事行為者，將處卅萬元以上、一五○萬元以下罰鍰，並命其停止使用行為、限期改正或恢復原狀；屆期未停止使用行為、改正或恢復原狀者，按次處罰。
不過，濕地定義與重要濕地廢止等關鍵條文，由於涉及漁民養殖牡蠣作業和專用漁業權等爭議，朝野與行政部門有不同意見，因此保留送協商。
另外，作家張曉風曾為濕地保育公開跪求馬英九總統重視，她出任親民黨立委期間也大力推動制定《濕地法》；只是，張曉風目前已不具立委身分，內委員昨天初審、協商法案時，民進黨立委李俊俋、林淑芬仍邀她共同參與討論，甚至上立委質詢台公開發言，引發爭議。
立委私下質疑，張曉風目前雖有立法院職員的身分，可出席會議，但協商和上質詢台發言是立委的職權；若只因為張曉風曾力推《濕地法》就破壞立委職權行使的規定及議事規則，恐將開啟惡例，來日其他業者或利益團體，是否也可堂而皇之介入立法過程、侵犯立委職權？
內政委員會召委李俊俋則表示，張曉風長期關心《濕地法》，雖已非立委，仍邀她列席，表達民間人士看法。