由於菲律賓的農業並不發達，台灣和菲律賓的農產貿易往來相當小，菲國的稻米甚至無法自給自足，還得從其他國家進口。
菲國農業部門目前正積極擴大農業生產力，近年來多次派專家來台，向我方學習農藥殘留快速檢驗技術，台灣也基於人道關懷，派員前往授課，希望保障菲國民眾的消費安全。如今台菲農業合作中止，農委會表示，菲國的損失不小。農委會國際處國際合作科科長傅子煜說：『(原音)我們已經發展了一段時間，這樣的技術也推廣到很多東南亞國家，甚至是中南美的友邦去，所以是一個很實用又很便宜的技術。可能其他地方拿來的技術很昂貴，或者不適合在熱帶地區使用，對菲國來說，是一個損失。』
台灣提供菲國的農業技術除了有農藥殘留快速檢驗，還有豬瘟診斷技術、柑橘黃龍病防治等，對菲國農業的提升都有很大的助益。
另外，第6屆台菲農業合作會議相關準備工作停止，菲國也將喪失台灣所提供的相關經費和合作計畫。