面對民進黨籍立委輪翻上場追問是否支持核四停建，翁啟惠語重心長地說，過去三十年有兩個政黨「走過來」，才把核四推到現在這個樣子，這是大家要共同面對的問題。我國若不加強新能源科技研究，現有三座核電廠如期除役，核四也停建，沒有核能的台灣，到二○二五年無法達到減碳目標，就會影響國家發展。
翁啟惠直言：「我們三十年來能源政策，一直沒有仔細思考再生能源怎麼投入。」中研院在二○○八年提出政策建議書，也指出再生能科技仍不成熟，台灣必須加強投入研發。「假如三十年來，我們有做好準備，今天就不會有這些擔心的事情出來！」
翁啟惠表示，過去五十年發生的大地震災害，都在環太平洋地區，台灣也在天災威脅區，「這是我們比較擔心的地方。」並直言他對台灣處理核廢料的能力沒有信心，但核廢料問題是全球性的問題，美國也曾鬧得一蹋糊塗。
翁啟惠和三位副院長王汎森、彭旭明和陳建仁，也被迫公開表達對核四停建立場。翁啟惠和王汎森均主張資訊應更公開，才能決定公投要怎麼投；彭旭明和陳建仁則公開支持核四停建。