李朝卿去年十一月遭羈押時，國民黨已先祭出「停權」的黨紀處分，對於李朝卿涉貪遭檢方起訴，黨中央未採取進一步的處分，國民黨文傳會副主委殷瑋昨僅表示，尊重司法。
依國民黨黨章，經法院一審判決有罪者停權，二審判決有罪撤銷或開除黨籍。
涉貪案爆發前，二○一一年二月廿三日李朝卿到中常會做專案報告，說明南投觀光發展成果，馬當場對李的施政高度肯定，指李的施政表現說明國民黨執政展現出「藍色執政、品質保證」。
李朝卿曾多次獲得馬英九的肯定與背書。二○○五年，李朝卿參選縣長期間，馬為其站台助選時，還批評當年民進黨的執政已變質為「綠色執政，貪污保證」；但如今，馬英九口中的藍色執政、品質保證範例李朝卿，卻因涉嫌收取三千餘萬不法回扣及賄賂而被檢方依貪污罪嫌起訴。
此外，李朝卿在二○○九年尋求連任時，清廉問題受到質疑；該年十一月七日，馬英九與吳敦義就站在李朝卿的身邊，馬英九公開大聲替李朝卿背書，強調有些候選人會採取抹黑策略，「我覺得縣長不要理他」，縣民都知道，「你是勤政愛民的縣長！」馬還對李強調，「你好好打你的選戰，不要理會旁人的污衊！」
民進黨回敬︰把貪腐帽子 拿回去
立法院民進黨團總召柯建銘說，馬英九的清廉招牌一再破功，承諾陽光法案的立法、修法也都是選舉騙票，馬應將過去扣在民進黨頭上的貪腐帽子「拿回去！」
民進黨立委蔡煌瑯表示，馬英九標榜「清廉、反貪腐」，卻接連爆發前行政院秘書長林益世、李朝卿等貪污案，林益世是馬英九愛將，李朝卿角逐南投縣長時，是馬英九保證清廉勤政而勝選；如今李朝卿貪瀆的罪證確鑿被起訴，馬、李的清廉面具被拆穿，兩人都應該向南投縣民道歉。