行政院拋出公投第一時間，民進黨主席蘇貞昌的直覺反應其實是「公投不會過」，因而直接否決黨中央政策會提出「要求政府正面表述公投題目」的建議。但黨內巨頭包括蔡英文、游錫堃，均堅持在公投議題上「力戰到底」。各方意見不一，已讓綠營陷入「該不該主導公投」的矛盾。
柯建銘指出，居國會多數的國民黨團若在立院力推停建核四公投，民進黨就算提出對案，也無法通過。目前唯一可走的路就是「正面迎戰」，由黨中央發起「核四是否續建」公投連署，和國民黨的公投案一起進行。柯建銘指出，二○○八年藍綠也曾各自發起入聯、返聯公投，他將在中常會上提出建議，具體時程則尊重黨中央規劃。
對此，民進黨立委林佳龍表示，民進黨目前最重要的課題，是向社會大眾說明，主張興建核四的行政院，提出「停建公投」的荒謬性，迫使社會力凝聚要求行政院將公投案改為正面命題；發動連署提對案，可能會讓民眾質疑，民進黨是和國民黨打相同的算盤。
不願具名的民進黨立委也認為，民進黨應該積極推動補正公投法，並且繼續論述非核家園理念；民進黨若依照行政院的邏輯、循不同路徑推出相反的公投案，簡直是把公投民主價值降格為封殺異己的工具，只會讓民眾對政治更不信任，民進黨推動反核也會更加困難。
政院日前宣布願以公投方式讓核四接受檢驗，蘇貞昌旋即召集黨務主管研擬對策。據透露，當時政策會提案建議，順著藍營步調同意公投，再站在「責任政治」的基礎，要求政院必須就本身同意核四續建的主張，提出「你同不同意核四續建」的公投題目。
但這項建議並未被蘇貞昌接受。因此，才決定先做出要求核四立即停工、修改《公投法》兩項決議，但未對公投一事有明確表態。
未料，蘇的決定卻引發黨內不同聲音。蔡英文陣營方面評估，公投是民進黨長期以來的主張，如果現在因為「可能不會過」就丟盔棄甲，怎能取信於民？
游錫堃更主張，民進黨應支持民間展開「是否支持續建」的公投聯署；而且，假若民間不推動，民進黨就該主動號召。
管婺媛/台北報導
民進黨將評估推動由民間連署核四公投，並以「你是否支持核四續建」為公投題目；但中選會秘書長鄧天祐表示，按《公投法》規定，立委提出公投案審查時程與公民發起的審查時程差太多，若要趕在同一天公投，時間上有困難。