早期高雄煉油廠為「總廠」，管轄高雄、大林、桃園煉油廠，以及林園石化廠、前鎮儲運所、嘉義廠，後被普遍解讀為民營化前置作業於民國八十九年改制為煉製事業部，隨後林園廠與前鎮儲運所也獨立為石化事業部。
煉製事業部所轄三個煉油廠均以煉油為主，獨高雄廠設有五輕，生產乙烯、丙烯等石化產品，其中石化產品交由石化事業部販售，油品供給油品行銷事業部經銷，三個廠單純都只是「生產單位」。
林園石化事業部設有三輕〈目前更新中〉、第四媒組、三芳、二甲苯分離、四輕等工場，供應各項石化原料給大社、仁武、林園等石化下游廠商，為中油統一石化產銷輸儲業務事權專責窗口；所轄前鎮儲運所，經營油槽設備租貸、石化品及油品轉運及進出口、油駁及港外加油等業務。
同一公司兩個單位應該相輔相成，但兩事業部歷史糾葛，存有瑜亮情結，常為了疏運管線誰先用、人事調動、敦親睦鄰比較等等小事鬧得不愉快，日前甫上任的總經理孔祥雲竟特地南下調解，當時孔祥雲說：「乾脆一個人管就好了」，的確，如果將爭端變成協調，就不再是吵鬧；中油高層也考量將兩事業部合併。
兩事業部合併也不是甚麼大事，但人事安排就極為重要，目前石化事業部由副總經理楊敬熙兼任，常要南北兩地跑，如由一人統籌管理，以資歷完整、協調能力強的煉製事業部執行長吳清陽呼聲最高，他並於一月二十九日台灣石油工會第一分會常務理事、理事、監事就任典禮中，公開講訴早已習慣身兼兩職〈早期擔任大林煉油廠煉三組組長兼工場長、副執行長兼大林廠長〉，而該人事案預計農曆春節過後明朗化。