健保新制元旦實施，針對股利、利息與額外收入收取補充保費，引發不少批評，包括知名作家陳雪也質疑該制度形同懲罰SOHO族（自由工作者）與無正式工作的人，勞工團體也形容新制是「惡代健保」。
陳揆昨在行政院會上表示，補充保險費新制，原來最早曾經提出採家戶總所得，但後來這項方案並沒有被採用，而是經過改良後加入補充保費的概念，這也是與立法院一再討論得到的結果，目前外界對於二代健保實施的批評或建議，衛生署也都即時納入考量與處理。
陳揆還說，衛生署除應持續不斷地加強政策說明及重申二代健保改革的核心價值，也應即時回應、澄清、有效更正不正確的訊息，更應主動協助解決執行上面臨的相關困擾，例如對於失（無）業者或經濟弱勢者的保費收取，以降低他們的相對剝奪感。
陳揆表示，自元旦健保新制實施後，外界關注焦點仍在於補充保險費，所以出現保費收取是否公平合理，以及是否照顧弱勢等質疑，感覺好像很複雜，希望衛生署對外加強說明，讓外界明白並非如此。
陳揆也說，衛生署應博採眾議，就新制上路後所產生或面臨的各種問題進行檢討，並研議解決方案或作為下一階段修法的參考，健保制度請大家共同珍惜與維護。