「濕地法」立法的必須性獲朝野共識，除行政院版本，民主進步黨籍立法委員林淑芬、中國國民黨籍立委邱文彥及親民黨立法院黨團，都各自提出修法版本。日前濕地法草案初審時沒有通過，有待下會期併案審查。
關於濕地定義、重要濕地能否「廢止」、濕地開發補償優先次序、濕地復育、濕地基金等，版本各有差異。
朝野立委認為，濕地指天然或人為、永久或暫時、靜止或流動、淡水或鹹水或半鹹水的沼澤、潟湖、泥煤地、潮間帶、水域，包括水深在最低低潮時不超過6公尺的海域；但行政院版認為，海域部分以最低低潮位為限。
行政院版主張，重要濕地因自然變遷或重大災害而改變、消失或無法恢復者，或因國家重大公共利益所需者，得辦理檢討；必要時，得予以變更或廢止。
朝野立委對「廢止」濕地有意見，邱文彥修法版本明定，重要濕地若有減損、增加面積或價值，中央主管機關得變更濕地範圍等級並公告，且應評估在原有範圍內規劃、採取適當復育措施。
親民黨籍立委張曉風受訪時也說，濕地認定是既成事實，不能因為有開發需要或損害就「廢止」濕地。
有關濕地開發補償，行政院版及邱文彥版本均規範應優先迴避重要濕地、減輕衝擊或做濕地補償措施。
不過，邱文彥版本希望「異地補償」優於「生態補償」，若需要開發濕地，應優先找尋另一塊更大的濕地來補償，若異地補償面積小於0.5公頃，可申請用繳納代金方式，由主管機關開設濕地異地補償專戶，並在經費餘裕時，統籌集中整建功能完整濕地。