航發會曾以新台幣45億元購買台灣高鐵公司特別股，但多年未發放股息，提起訴訟，要求台灣高鐵支付股息及收回股票。
台灣高鐵的公司股本約1053億元，其中普通股約651億元、特別股約402億元。特別股的本金收回及股息發放，都依公司法辦理，因公司仍在虧損階段，不得分派股息。
台灣高鐵說，去年12月12日，法院就通知台灣高鐵與航發會調解，今年1月3日已調解過1次，3月7日要進行第2次。
交通部表示，這項訴訟是依據立法院交通委員會的決議辦理。
交通部說，民國99年1月，協助台灣高鐵與銀行團完成借新還舊的融資協議，已大幅降低台灣高鐵利息支出，去年累計搭乘人次已突破兩億人次。
不過，高鐵公司累計虧損仍有660餘億元，整體財務結構仍待改善。交通部希望台灣高鐵應儘速進行全面財務改善，健全財務結構。