教育部長蔣偉寧表示，會組成專案小組調查各大學排除研究生後所需支付的補充保費，不分公私立大學都會「儘可能協助」。
二代健保上路後，兼職薪資所得、執行業務等收入須收補充保險費。國立大學、私立大學、私立科技大學三個大校院協進會認為，為處理研究計畫案或行政工讀等衍生的補充保費計算，行政作業倍增，將增加一到三人，也增加龐大支出。這些成本不應該轉嫁到大學，希望健保局訂出各大學「雇主補充保費」全年上限，超過部分由政府補助。
政大校長吳思華估計，二代健保新制讓校方損失慘重，「比漲電費還可怕」，政大一年約增加一千多萬元。
台大主秘張培仁也說，台大的研究及教學助理人數居全台大學之冠，包括兼任研究助理八千六百人次、短期工讀三千六百多人次等，校方都必須為他們支付二％的補充保費，估計每年超過四千萬元。
張培仁認為，國科會才是委託研究計畫的雇主，校方只是轉發，應由國科會支付二％的補充保費。
國科會綜合業務處長陳宗權指出，日前已發函各大學院校，請各校自行從國科會補助研究計畫項下的行政管理費勻支研究助理的補充保費，不再另外提撥經費補助，「目前沒有討論的空間」。
但台師大指出，除了兼任研究助理，還有演講費、教授主持研討會及口試費，以及該校約四百名兼任教師薪資，每年至少得多繳一千八百萬元補充費。
東華大學校長吳茂昆說，每年多繳三百萬元，就約相當於一個較小學院每年的業務費。