〔自由時報記者林國賢、鄭旭凱／綜合報導〕中科四期廢水排入濁水溪，於廿八日獲環保署環境影響差異評估專案小組審查通過，將送環評大會討論，引發雲林地方、農漁民強烈反彈，抨擊政府護航工業，犧牲母親之河濁水溪生命，與台灣主要農漁業產地，雲林縣養殖權益促進會表示會抗爭到底，爭取為後代子孫留下安全、乾淨生存權。
環保署長沈世宏二十二日至雲林主持「廣興河川生態環境教室」揭牌時表示，中科四期廢水排入濁水溪，可以利用溪水帶走廢水排入海中，濁水溪出海口潮水往北，不會影響雲林環境，而這項措施，仍會經過環評專家及學者，甚至地方人士推薦的環保專家討論，才會定案。但二十八日這項意見已經環差小組審查會議通過。
雲林養殖權益促進會創會會長林源泉強調，濁水溪是孕育彰、雲兩地農作物的母親之河，台西、麥寮、大城、王功是全國主要蚵、文蛤等養殖業產地，中科廢水排入濁水溪，所帶來的工業污染，直接與間接影響超過數百萬人，政府要三思，不要成為禍害後代子孫的劊子手。
環保署於二十八日召開中科四期環差小組審查會議，中科四期（二林園區）廢水，不再考慮廢水海洋放流，也不再考慮廢水全回收，而是排入濁水溪，雖然本案還須送環評大會討論才能定案，雲林地方已經全面反彈。
立委劉建國表示，本案是繼「美麗灣」之後，環保署另一個殘害環評制度、藐視司法、造成環境風險的案子。
他表示，高等法院十月已經判中科四期開發許可違法無效，內政部與國科會還在上訴中，環保署卻在本月十三日到二十八日為國科會密集的安排環評審查，「建議通過」將廢水排入濁水溪，於是我們的母河濁水溪，就要承擔中科四期的廢水，如此破壞環境的決議，就是為了要讓一個很可能根本就違法的開發案趕快造成既定事實。
立委李應元說，集集攔河堰設立後濁水溪的水量大幅下降，並有相當長的枯水期，未來若是中科二林園區每日注入二萬公噸廢水，濁水米可能有遭到污染之虞，雲林和彰化縣兩岸農民絕對不能接受。
李應元表示，環評委員與環保團體質疑，濁水溪水量小，無法稀釋中科二林園區廢水，將污染附近土壤與地下水；中科說，以濁水溪十年平均的水流量，可以稀釋廢水，但卻完全漠視枯水期的情況。