阿里山森林鐵路極具世界文化遺產潛力，豐沛資源、多變美景、以及高超軌道工藝，成為文化與生態觀光朝聖地，而林務局預計在明年5月，將以委託經營的方式，移交臺鐵局接手營運，雙方均一致強調，森鐵特色「絕對不會改變」、「請鐵道迷放心」。
阿里山森鐵跨越熱帶、溫帶及寒帶3種氣候帶，以及林相、獨立山螺旋線和4個之字型登山線、人力營造出高超工程工的木構橋梁及隧道、機車動力傳動結構特殊及行駛於無齒軌道間等的特色，。
森鐵同時集結森林、登山、高山三種鐵路特徵於一身，又擁有雲海、神木、晚霞及日出景觀，自然及人文資源豐富情況，在1986年，已與日本大井川鐵路、瑞士阿爾卑斯山BRB鐵路締結為「世界登山鐵路三姐妹」。
林務局對此表示，這不止成就臺灣鐵道史上不朽的史詩，更是全球登山鐵道令人驚嘆的一頁傳奇。不過，在政策指導下，未來森鐵「招牌」不變，但營運團隊將會換手。
目前林務局與臺鐵局初步協商，預計在明年5月起，將先進行經營轉移，而阿里山森林鐵路的文化資產保存，以及林務維護的界面，仍有林務局執行，至於正式移交時間仍尚未敲定。
嘉義林管處強調，現有森鐵操作人員在經營權移交後不會變動，會共同就安全工作再進行強化，此外，目前已經完成奮起湖以下的第二階段修復工程，至於奮起湖到神木站的第三階段工程，將於民國103年年中完成，屆時，即可恢復全線通車。
鐵道迷可以放心的是，雙方在協商時均強調，阿里山森鐵特色不能改變，會繼續保存現有的保存文化旅遊與觀光特色，事實上，阿里山林業暨鐵道文化景觀已被列入嘉義縣公告的文化資產，任何大的變動，都必須先呈報文化資產審議委員會審核。
至於明年經營權移轉之後，臺鐵會先就安全、舒適、營運、服務等系統進行強化與提升，在安全部分，預計會在部分路段加設圍籬，同時在隧道內，因為環境潮濕木枕容易腐爛，會建議改用安全性較高的水泥PC枕，也預計要加裝無障礙廁所，未來就能方便使用輪椅的朋友上下車門和如廁。
對於未來臺鐵接手營運，嘉義林管處評估是「回歸專業」，因為臺鐵對於鐵路營運、經營、服務比較專業，後勤支援能量完整，能夠更加提升安全性的維護工作，預估包括人事和維護，未來經費將由目前每年的3億元，初估將增加為5億元。