台管處企劃課長鄭脩平表示，這兩年半期間，該處還是以勸導為主，但自今年下半年起，開始執行開罰，目前已開罰卅六件，其中一件為市府所屬工程，其餘多數為未經申請進入保護區違法漁撈為主，包括曾文溪口的黑面琵鷺保護區及四草野生動物保護區，未經申請在保護區漁撈、釣魚，每件開罰三千元，目前已產生效果，違規案件大幅減少。
台管處成立近三年來，都以勸導、宣導為主，希望以和為貴，但效果不佳。經台管處統計，到今年六月底為止，共勸導四百廿六件，其中，以進入保護區捕撈魚蝦貝類最多，其他則是工程開發整地及傾倒垃圾、廢棄土等。
台管處表示，依國家公園法規定，園區內任何整地開發及捕撈採集，都得提出申請許可，花木也不得破壞攀折或焚毀，否則不僅受罰，還可能涉及刑責。