突破種魚在人為圈養環境自然產卵的瓶頸，分工量產餌料生物，分期大量生產種苗，形成產業鏈，是台灣水產養殖的特色之一。但是盲目一窩蜂搶進、導致生產過剩，產銷失衡，價格崩盤；另外養殖環境污染惡化，又超抽地下水造成地層下陷、海水倒灌、國土鹽化，面臨自然生態的反撲；此外長期濫用化學藥物 (荷爾蒙、抗生素)、終至疫病爆發無法解決問題，進而頻繁改變養殖明星物種，甚至引進外來種企圖逃避問題，如此的惡性循環一再重演，卻也是台灣水產養殖的沉痾。
因為引進外來種，台灣付出許多痛苦的社會成本與不可逆之環境代價。例如美國螯蝦，當初引進當觀賞用，熱潮一過旋被棄養。但美國螯蝦適應力強、繁殖快、具攻擊性，不但滅絕原生物種，且嚴重破壞台灣淡水棲地生態平衡。又如吳郭魚為目前台灣水產養殖產量之冠，是台灣經濟功臣；但牠攻陷台灣所有主要河川，是原生魚種的剋星與生態殺手。農委會林務局2012年出版的《台灣淡水魚紅皮書》宣稱：「日月潭90％的原生物種已經被強勢的外來物種淘汰掉。」
最離譜的是台灣農政主管機關與地方父母官，居然在沒有審慎評估提出周延計畫之下，即率先引進外來種，事後也不見被糾正處罰與彈劾。中研院研究指出，水試所90年代由美國德州引進的海水紅鼓魚已衍生台灣本土生態危機，是口誅筆伐的入侵種。農委會下屬兩個單位林務局（禁止外來種）與漁業署水試所（引進外來種），各吹各的調，最精神錯亂，教人無所適從。
由於台灣的颱風、豪雨、洪水頻繁，況且又有極端氣候的推波助瀾；加上逃逸、棄養、放生及保育單位的無作為，有意無意間，今天以增加人民收益為名，刻意引進的水產養殖外來種——大閘蟹，對脆弱的台灣島嶼生態多樣性之衝擊與戕害，由過去福壽螺、吳郭魚、琵琶鼠、大肚魚等水生與陸生入侵種的經驗和教訓，將指日可待。屆時對台灣的物種、生態系服務、糧食供給、國民的健康與經濟的負面效應與不良後果，恐將不可收拾，豈是短期經濟效益可彌補。（台灣國立海洋大學水產養殖系教授）