現制健保財務撐不到民國103年底，二代健保加收補充保費，估計1年可進帳新台幣180億到350億元。衛生署健保監理委員會、醫療費用協定委員會認為，對補充保費的期待，愈保守愈好 。
衛生署參考民國97年金融海嘯的財稅資料，估計補充保費1年236億元，試算出30組健保費率，擬選出5.17%、5.10%、5.05%等3到4組費率，送行政院拍板定案。
這30組費率的補充保費2%，基本費率介於4.90%到5.43%之間，牽動費率變項的因素，包括醫療費用年增率、財務平衡維持年限、是否考慮安全準備金。
衛生署健保小組試算，補充保費固定2%，基本保費費率5.17%，在醫療費用年增率4%時，可維持至106年不漲健保；醫療費用年增率5%時，可維持到105年；年增率6%時，維持到104年。
行政院政務委員管中閔日前說，今年經濟成長率保1%沒問題。然而，健保醫療費用增幅向來超越經濟成長率，今年4.314%，明年更高，健保費恐怕降不了。
健保監理委員會召集人劉見祥認為，健保補充財源因不景氣而縮水，也壓縮健保費率調降空間。
二代健保的保費分為基本保費與補充保費，高額獎金等6項收入應繳補充保費，費率2%起；至於基本保費費率，日前衛生署健保監理、費協兩會建議5.17%，與現制健保相同。