針對馬英九總統前往彭佳嶼視導，國軍已提升指揮層級，完成維安及應變規劃。海軍方面，共出動多艘艦艇執行側護任務，海軍131艦隊濟陽級艦、錦江級艦各1艘、光六飛彈快艇2艘，將成為彭佳嶼周邊海上側護兵力。另外調用駐守澎湖的146艦隊支援，由成功級巡防艦在外圍交叉巡航；駐守蘇澳的168艦隊並出動諾克斯級艦在三貂角外海，發揮東面策應功能。
空軍方面，401聯隊F-16戰機負責東北部空域巡航、499聯隊的幻象戰機負責西北部巡航，共同架構空中戒護網；本島的地面部隊則將以雷達及飛彈偵蒐、監控。國防部軍事發言人羅紹和：『(原音)對於總統今天前往彭佳嶼視察，國軍已經依據相關戰備規定及偵巡責任區的劃分，由海軍的131艦隊在我們空中兵力及岸上兵力的配合之下，來執行側護的任務。』
國防部強調，在海、空軍及地面部隊共同側護下，將確保總統及隨行人員的安全。
除了國軍部隊外，海巡署也出動多艘艦艇支援，其中，2千噸級的和星艦負責載運媒體記者，600噸級的花蓮、連江艦搭載海巡、總統府、特勤等相關工作人員，並有3艘100噸級艦艇在旁負責安全警戒。航行途中，還將執行和星艦20機砲演練，以及100噸級艦艇實施海上救援、漁船滅火與登檢等操演。